Był młodszym bratem docenta Szkoły Głównej i profesora historii powszechnej Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego, wybitnego uczonego, który do dziś cieszy się uznaniem i poważaniem wśród historyków. Najlepszym tego dowodem jest ulica jego imienia na warszawskiej Ochocie i piękna tablica, ufundowana ku uczczeniu jego pamięci w Kościele o.o. Karmelitów przy Krakowskim Przedmieściu.
Urodził się w Zgierzu, w rodzinie mieszczańskiej. Informację o pochodzeniu rodziny Pawińskich można znaleźć w pamiętnikach S. Czekanowskiego: "Pawiński - właściciel farbiarni w Zgierzu - miał ojca rodem z Brandenburgii, który nazwisko Pfau (paw) zmienił na polskie Pawiński. Miał dwóch synów, z których starszy, Adolf, jest historykiem, a drugi znanym w Warszawie lekarzem".
Właśnie o tym młodszym bracie Adolfa, Józefie, będzie mowa. Gimnazjum ukończył w Warszawie w roku 1869, również w tym mieście uzyskał dyplom lekarski w 1874 roku. Studia uzupełniał na uniwersytetach w: Wiedniu, Wurzburgu, Berlinie i Paryżu. W roku 1883 zdobył dyplom doktora medycyny. Pisał o nim Adam Wrzosek: "Zasłużony obywatel kraju, jeden z najznakomitszych współczesnych lekarzy, uczony nieprzeciętnej miary, do ostatnich chwil życia nie przestawał nieść pomocy chorym i oddawać się pracy naukowej... Najulubieńszą dziedziną jego pracy naukowej była patologia i terapia chorób serca... Pawiński w uznaniu zasług naukowych został mianowany członkiem honorowym wielu naszych towarzystw lekarskich i naukowych. Akademia Nauk Lekarskich w Warszawie powołała go na członka czynnego, a Paryska Akademia Medyczna na członka korespondenta...".
Wspominał kiedyś Józef Pawiński, że najlepszym, najukochańszym jego nauczycielem był Ignacy Baranowski, który wdrożył go do podstaw medycyny praktycznej, nauczył opanować, jakże trudną metodę, osłuchiwania płuc i serca, co czynił później bezbłędnie, pełniąc funkcję początkowo lekarza miejscowego na oddziale chorób wewnętrznych Szpitala Dzieciątka Jezus, później ordynatora tegoż oddziału, następnie ordynatora Szpitala Św. Ducha. Miał olbrzymią praktykę prywatną.
Jako pewnego rodzaju ciekawostkę można podać nieznany chyba fakt, że nie uznawał porad bezpłatnych. Od pacjentów zamożnych pobierał opłatę od 10 do 100 rubli (kolosalna suma), od biednych lub bardzo ubogich pobierał 1 kopiejkę (cena śmiesznie mała, odpowiadająca mniej więcej cenie dwóch bułek). Nic za darmo.
Pisał i publikował bardzo dużo. Zgodnie z bibliografią S. Konopki, obejmującą tylko XIX wiek, w rozmaitych pismach lekarskich polskich i obcojęzycznych umieścił około 80 prac, a przecież, choć już nieco mniej, pracował naukowo do chwili swej śmierci (1925), która dopadła go w czasie zjazdu naukowego w Paryżu. Wszystkie prace naukowe Pawińskiego charakteryzuje wysoki poziom, niektóre z nich są niewątpliwie odkrywcze. Tematem olbrzymiej większości artykułów o rozmaitej długości, jakże często o nieprzemijającej wartości, są prace ściśle związane z kardiologią, która właśnie w czasie jego życia zaczynała nabywać prawa "obywatelskie".
Był najlepszym znawcą wad serca, szczególnie nabytych. On to umieścił w roku 1893 w "Gazecie Lekarskiej" dociekliwą rozprawę, zatytułowaną O względnej niedomykalności zastawek półksiężycowych tętnicy płucnej przy zwężeniu ujścia żylnego lewego, niezależnie od Artykułu G. Steela na podobny temat, który ukazał się 3 lata wcześniej.
Pawiński nie znał pracy Steela, a jego koncepcja powstania względnej niedomykalności zastawek tętnicy płucnej jest lepiej i dokładniej podana. Nic dziwnego więc, że opisany szmer, pochodzący znad tętnicy płucnej (zwłaszcza w przypadku stenozy mitralnej) nosi niekiedy w literaturze lekarskiej, głównie niemieckiej (niestety nie w polskiej) nazwę "szmeru Steela-Pawińskiego".
Pisał o różnych zaburzeniach rytmu serca (w tym o migotaniu przedsionków), chorobie wieńcowej, roli miażdżycy w chorobach serca. On pierwszy zaproponował, by dusznicę bolesną nazywać stenokardią, badał terapeutyczne znaczenie sparteiny, strofantyny, preparatów purynowych, chinidyny.
Był wielką, chce się rzec, największą postacią w dziejach kardiologii w Polsce. Jego starszy brat, Adolf, jest stale w pamięci polskich historyków, natomiast Józef, znakomity lekarz, uczony, jest postacią zupełnie zapomnianą, mało który z lekarzy o nim słyszał. A szkoda, tej miary lekarz, co Józef Pawiński. winien odzyskać swą wielkość, którą mu, niestety, wczorajsze i dzisiejsze pokolenie polskich lekarzy, może nieumyślnie, zabrało.
Wiesław Stembrowicz